Симптомы аспергиллеза зависят от формы заболевания. При назальном аспергиллезе отмечаются выделения из носовой полости различной степени выраженности. Они могут быть как серозными, так и слизисто-гнойными или геморрагическими (кровянистыми). Заметным является затруднение дыхания, у большинства животных наблюдается чихание. Также ярко выраженной может быть болезненность в области носа, затруднение в пережевывании пищи, а при разрушении костной ткани – изменение конфигурации лицевой части черепа (а именно – спинки носа). У некоторых животных также отмечается изъязвление – как внутри, так и снаружи носовых ходов.
Неспецифические симптомы – угнетение, отказ от пищи, снижение массы тела – могут отсутствовать при назальной форме заболевания, однако, при системной инфекции наблюдаются в большинстве случаев. Помимо них, генерализованный аспергиллез может не проявляться какими-либо другими симптомами, однако также бывают выраженными хромота, неврологический дефицит, вызванные разрушением костной ткани при поражении костей конечностей или позвонков, соответственно. Неврологические симптомы, указывающие на компрессию спинного мозга, различаются в зависимости от силы проявления.
Так, при первой степени неврологических расстройств отмечается болезненность, но функционирование конечностей сохранено в полной мере. Вторая степень характеризуется болью и слабостью конечностей при сохранении способности ходить, которая отсутствует при третьей степени. Четвертая степень неврологического дефицита – паралич с сохраненной глубокой болевой чувствительностью. При пятой степени глубокая чувствительность отсутствует. Иногда выделяют также и шестую степень – отсутствие глубокой болевой чувствительности сроком более чем двенадцать часов. Помимо нарушения функции конечностей неврологический дефицит проявляется также недержание кала и мочи.
При системном аспергиллезе могут быть поражены и легкие – с развитием симптомов дыхательной недостаточности (непереносимость физических нагрузок, кашель, одышка, синюшность слизистых оболочек), органы пищеварительной системы (симптомы – рвота и диарея) и др.