Диагностика болезни Ауески проводится с учетом данных анамнеза (быстрое развитие симптомов), а также результатов лабораторных и патологоанатомических исследований (заболевание у собак и кошек имеет летальный исход). К методам лабораторной диагностики, используемым для определения болезни Ауески, относятся серологические исследования, биопробы (заражение лабораторных животных) и некоторые другие методы, применяемые несколько реже.
Очень важно провести дифференциальную диагностику с бешенством (владельцы животного и ветеринарный врач должны соблюдать предельную осторожность и придерживаться основных правил поведения при подозрении на бешенство – в том числе, необходимости изоляции больного животного). Также симптомы болезни Ауески в некоторых случаях похожи на симптомы чумы плотоядных и некоторых острых аллергических реакций, сопровождаемых сильным зудом. Эти заболевания обычно исключают в тех случаях, когда сообщается, что животное болеет более двух суток, что нехарактерно для псевдобешенства, или болезни Ауески. Общий и биохимический анализы крови, общий анализ мочи, а также другие лабораторные исследования, как правило, не имеют большой диагностической ценности.