Симптомы конъюнктивита включают в себя покраснение и отек конъюнктивы, слезотечение и появление слизистого и/или гнойного отделяемого. Также наблюдается блефароспазм (прищуривание глаз, иногда до полной невозможности открыть их) вследствие болезненности разной степени выраженности.
Другие клинические признаки связаны с первичным заболеванием глаз или же системным заболеванием – в том случае, если конъюнктивит является вторичным. Так, при аномалиях строения век, являющихся часто причиной конъюнктивита у собак, могут наблюдаться заворот верхнего и/или нижнего века (предрасположенные породы – чау-чау, китайский шар пей, персидские кошки, сфинксы, девон рексы), выворот век (предрасположенные породы – английский и американский спаниели, сенбернар, бладхаунд, бассет хаунд), при кератите – изменение цвета или помутнение роговицы. Аллергический дерматит характеризуется зудом, аутоиммунные заболевания – поражениями кожи и других органов и систем организма.
При вирусных заболеваниях верхних дыхательных путей, которые часто сопровождаются конъюнктивитом у кошек, наблюдаются непосредственно симптомы поражения верхних дыхательных путей – истечения из носовой полости, кашель и чихание, при калицивирозе, кроме того, возможно появление изъязвлений в ротовой полости. Также фиксируется повышение температуры. При чуме плотоядных проявляются клинические признаки поражения нервной системы и другие характерные для этого заболевания симптомы.