Гипотиреоидизм может проявляться множеством различных симптомов. Среди них – заметные изменения в поведении – вялость, апатичность, нежелание двигаться. Также может наблюдаться снижение аппетита и повышение массы тела. У многих животных, страдающих гипотиреоидизмом, диагностируются заболевания кожи, в том числе рецидивирующие бактериальные, грибковые инфекции, может наблюдаться алопеция (облысение), причем часто очаги ее располагаются симметрично, что в некоторых случаях может помочь отличить выпадение волос, обусловленное эндокринной патологией от, например, алопеций, обусловленных зудом и расчесыванием, присутствующих при паразитарных инфекциях (блошиная инвазия) и аллергических дерматитах (аллергия на слюну блох, атопический дерматит, пищевая аллергия).
Еще одним симптомом, замечаемым только внимательными владельцами, является снижение частоты сердечных сокращений. Также могут наблюдаться нарушение функционирования нервной системы, мышечной системы, снижение половой активности и различные нарушения воспроизводства (отсутствие течек, привычное невынашивание, рождение нежизнеспособного потомства).