Диагностика герпесвирусной инфекции проводится при помощи клинического осмотра с обнаружением характерных клинических симптомов, а также лабораторных исследований.
Перед проведением общего осмотра ветеринарному специалисту необходимо получить информацию о животном – его возрасте, поле, сроках проведения вакцинации, если она была осуществлена, наличии перенесенных или сопутствующих заболеваний. При поражении верхних дыхательных путей необходимы лабораторные исследования – общий (иногда отмечается лейкоцитоз) и биохимический анализы крови, общий анализ мочи, специальные исследования (ПЦР-диагностика, выделение вируса из культуры).
Основные дифференциальные диагнозы при поражении верхних дыхательных путей – калицивирусная инфекция и хламидиоз. Помимо ПЦР-диагностики провести различие между ними можно и по наличию и силе проявления некоторых клинических признаков (однако, могут быть и вариации, поэтому это используется только как дополнение к специальной диагностике и для постановки предварительного диагноза).
Так, общее состояние животных при герпесвирусной инфекции обычно намного более тяжелое, чем при калицивирусной и хламидийной инфекциях. Конъюнктивит, особенно хронический, более характерен для хламидиоза, чихание – для ринотрахеита. Язвы ротовой полости обычно говорят о калицивирозе, но в редких случаях наблюдаются и при герпесвирусной инфекции, в то время как при хламидиозе – никогда. Кератит развивается только при инфекционном ринотрахеите, также как и гиперсаливация – усиленное образование и выделение слюны.