Симптомы инфекционного ринотрахеита представляют собой комплекс признаков поражения верхних дыхательных путей и глаз. По прошествии инкубационного периода сроком от двух до шести-десяти дней проявляются такие симптомы как угнетение, ухудшение аппетита вплоть до полного отказа от пищи, сильное чихание, слюнотечение (не всегда), воспаление и отек конъюнктивы (конъюнктивит), серозные или серозно-гнойные истечения из носа и глаз, причем у некоторых животных ринит может быть первым клиническим признаком заболевания.
Также наблюдается гипертермия – повышение температуры тела, может присутствовать кашель и одышка. Изъязвление слизистой ротовой полости наблюдается гораздо реже, чем при калицивирусной инфекции, но все же может иметь место и у кошек, больных инфекционным ринотрахеитом. Глотание затруднено, и вследствие этого животному причиняет боль принятие пищи и воды (если присутствуют аппетит и жажда). Также может получить развитие кератит – воспаление роговицы, характеризующееся ее помутнением и симптомами воспалительной реакции – покраснением, блефароспазмом по причине болезненности. У ослабленных и молодых животных общее состояние обычно тяжелое, перечисленным выше признакам могут сопутствовать также симптомы вторичной бактериальной инфекции или других инфекционных заболеваний.