Симптомами малассезиоза являются участки алопеции с влажной воспаленной кожей, покраснения и бляшки. Кожа больного животного имеет крайне неприятный запах. Часто отмечается сильный зуд, что, однако, может быть также симптомом аллергического дерматита, являющегося в некоторых случаях причиной малассезиоза.
Нередко очаги поражения малассезией развиваются при наличии комедонов на подбородке животных (это заболевание, называемое акне, часто наблюдается у кошек). В этом случае можно наблюдать появление жирных наощупь выделений, «склеивающих» волосы. При малассезиозе с локализацией в ушном проходе ушная сера приобретает темный (почти черный) цвет, могут присутствовать и другие симптомы, связанные с основным заболеванием (аллергическим отитом, иногда сопровождающимся и бактериальной инфекцией).