В основном наблюдаются неспецифические симптомы, вызванные анемией – угнетение, сонливость, снижение двигательной активности, анорексия и кахексия (истощение). Также отмечается бледность слизистых оболочек, увеличение частоты сердечных сокращений и дыхательных движений. У некоторых животных с гемобартонеллезом может быть рвота, желтушность, повышение температуры тела, увеличение лимфатических узлов и другие клинические признаки. При остром развитии заболевания симптомы очень ярки и проявляются неожиданно, причем по причине сильного снижения гематокрита может развиться крайне тяжелое состояние животного, называемое гемолитическим кризом и требующее немедленного врачебного вмешательства.
У многих животных, особенно при подостром или хроническом течении симптомы проявляются периодически, сменяясь длительными ремиссиями, за которыми вновь следует ухудшение состояния. Крайне тяжелое течение инфекционной анемии обычно отмечается у кошек с иммунодефицитом, являющимся следствием инфицирования вирусным лейкозом или вирусным иммунодефицитом кошек.