Рентгеноскопия может использоваться в диагностике большого количества патологий наравне с рентгенографией статической. Однако, существует ряд заболеваний, при диагностировании которых исследование в динамике является более предпочтительным.
К таким заболеваниям относят коллапс трахеи – распространенную патологию у собак мелких пород (той-терьеров, йоркширских терьеров и др.), обструкцию бронхов инородным телом, все патологии, сопровождающиеся нарушениями акта глотания и продвижения пищи по пищеводу.
Также рентгеноскопия применяется при контрастных исследованиях – ангиографии и других, позволяя ветеринарному врачу в реальном времени наблюдать продвижение контрастного вещества.