Диагностика анафилаксии должна проводиться в экстренном порядке, так как состояние животного при анафилаксии является критическим и требует немедленной коррекции. Диагноз может быть поставлен ветеринарным врачом по совокупности наблюдаемых при клиническом осмотре быстро прогрессирующих симптомов и данных анамнеза (применение лекарственных препаратов, укусы насекомых или змей).
Дифференциальная диагностика должна быть проведена с другими процессами и заболеваниями, вызывающими острую сердечно-легочную недостаточность (болезни легких, обструкция дыхательных путей, заболевания сердца). Времени на проведение обширных дополнительных исследований перед началом экстренной терапии, как правило, нет (анафилаксия может привести к анафилактическому шоку и летальному исходу в течение короткого периода времени – менее одного часа).