Диагностика осуществляется с помощью клинического осмотра, а также инструментальных и лабораторных исследований. Посредством внешнего осмотра ветеринарный врач может оценить состояние роговицы и выявить характерные для кератита клинические признаки. Затем должно быть проведено биомикроскопическое исследование, благодаря которому можно определить степень поражения, в том числе и при язвенном кератите (который, кроме того, может быть выявлен путем осуществления пробы с флюоресцином). При подозрении на кератит бактериального генеза необходимо осуществить посев на питательные среды с дальнейшим определением чувствительности патогенных микроорганизмов к антибактериальным препаратам.
Для выяснения причин кератита используются результаты анализов крови, ИФА и ПЦР-диагностика, методы дифференцирования аллергических реакций, гистологические исследования при аутоиммунных заболеваниях и многое другое. Необходимость проведения тех или иных исследований определяется ветеринарным специалистом.