Диагностика трахеита основана на сборе анамнеза, оценке выраженности клинических признаков и проведении дополнительных исследований. Ими являются эндоскопия, а также цитологическое и бактериологическое исследования смывов с трахеи, по результатам которых в некоторых случаях можно выяснить, что является этиологическим фактором – причиной воспалительного процесса трахеи.
Параллельно с этими исследования необходимо обязательно провести диагностику инфекционных вирусных заболеваний с помощью таких методов как ПЦР и ИФА. Также на первом приеме ветеринарный врач должен взять кровь у животного для того, чтобы провести клинический (в котором особое внимание обратить на количество лейкоцитов) и биохимический анализы. Биохимический профиль должен включать в себя максимальное количество показателей, так как вирусные инфекции, часто являющиеся причиной трахеита, нередко вызывают поражение других органов и систем.