Основным симптомом трахеита является кашель, часто приступообразный. При остром течении заболевания возможно развитие дыхательной недостаточности, клиническими признаками которой являются одышка, цианоз (синюшность видимых слизистых оболочек и непигментированных участков кожи). При затрагивании воспалительным процессом и бронхов – при трахеобронхите – возможно появление хорошо прослушиваемых хрипов.
Общее состояние животного может сильно варьировать, в зависимости от причины трахеита. Часто наблюдается незначительное повышение температуры, отказ от корма, угнетение различной степени. Остальные наблюдаемые симптомы при вторичном трахеите, как правило, связаны с основным (первичным) заболеванием.