Диагностика дискоидной красной волчанки основывается на наличии у животного характерных поражений кожи, отсутствии системных проявлений заболевания. Важны и лабораторные исследования, в том числе гистологическое, результаты которого играют наибольшую роль при установлении точного диагноза. Методы прямой и непрямой иммунофлюоресценции, исследование крови на антинуклеарные антитела применяются редко по причине неоднозначности получаемых результатов.
Важным является также параллельное проведение дифференциальной диагностики для исключения других диагнозов и возможного определения сопутствующих заболеваний. Для этого необходимо выполнение цитологического исследования материала (глубокие и поверхностные соскобы), посев на питательные среды (исключение дерматофитии) и другие исследования, рекомендуемые ветеринарным врачом в зависимости от предполагаемых дифференциальных диагнозов.