Основные симптомы панлейкопении – повышение температуры, угнетение, анорексия (отсутствие аппетита), рвота, часто присутствует сильная жажда (животное сидит над миской, но не пьет). Через несколько дней при острой форме заболевания возможны снижение температуры, диарея. У молодых животных, особенно котят в возрасте 2-4 месяца течение заболевания крайне тяжелое и часто заканчивается летальным исходом.
Также необходимо особо отметить симптомы, проявляющиеся у котят при трансплацентарной передаче инфекции. Внутриутробное заражение приводит к гипоплазии мозжечка, клинически проявляющейся в нарушении координации движений и атаксии, часто незаметных до возраста 2-3 недель – пока котята не начнут пытаться более активно передвигаться самостоятельно.