Основным и часто единственным клиническим признаком энтерита является диарея. Может наблюдаться стул с примесью крови (для воспалительного процесса в тонком кишечнике характерно наличие в кале переваренной крови, в отличие от воспаления толстого кишечника, характеризующегося присутствием в каловых массах свежей крови алого цвета), а также слизи.
Другие симптомы, присутствие которых также возможно при энтерите, — рвота, потеря аппетита – анорексия, потеря веса – кахексия, повышенная температура тела – гипертермия (может наблюдаться в том числе и при энтерите, вызванном инфекционными агентами), угнетение, степень которого варьирует от слабой до сильной в зависимости от болезненности (которую ветеринарный врач может определить при проведении пальпаторного исследования). Появление других клинических признаков, как правило, свидетельствует о том, что энтерит является не единственным заболеванием, а, возможно, и вторичным по отношению к какой-либо патологии внутренних органов.