Диагностика отодектоза должна проводиться во всех случаях отита, как у кошек (очень часто подтверждается, но, несмотря на это, назначение местного противопаразитарного лечения, например, капель в уши без постановки диагноза может привести к осложнениям в случае сильного воспалительного процесса), так и у собак.
Основным методом исследования является микроскопирование ушной серы, а в случае наличия поражений где-либо, помимо ушей, необходимо сделать мазки-отпечатки при помощи ацетатной полоски и/или поверхностные соскобы, что также позволит обнаружить клещей Otodectes cynotis и/или их яйца. Клещи имеют характерный вид, яйца их овальной формы.
В некоторых сложных случаях (при длительно протекающем воспалительном процессе и подозрении на прободение барабанной перепонки и нарушение целостности костей) может также рекомендоваться рентгенографическое исследование, а при наличии возможности – компьютерная или магнитно-резонансная томография.
У животных с неудовлетворительным общим состоянием также должна быть взята кровь для общего (количество эритроцитов, лейкоцитов, тромбоцитов, лейкоформула) и биохимического (основные показатели – аланинаминотрансфераза, щелочная фосфатаза, аспартатаминотрансфераза, прямой и непрямой билирубин, креатинин, мочевина, калий, натрий, кальций, магний, фосфаты, глюкоза, холестерин и др.) анализов, что позволит выявить основные или сопутствующие проблемы и по результатам анализов рекомендовать дополнительные диагностические исследования, например, ультразвуковое (органы брюшной полости).