Основные симптомы клонорхоза представляют собой признаки нарушения функционирования пищеварительной системы. Так, наблюдаются рвота, поносы или запоры, изменение цвета кала (вызванное нарушением выделения желчи). У некоторых животных отмечается болезненность в области печени. Также нередко наблюдается желтушность слизистых оболочек, особенно выраженная на склере и в ротовой полости, а также кожи – на внутренней поверхности ушных раковин.
Общее состояние животных зависит от того, насколько сильна инвазия. При постоянных рвоте и диарее развивается дегидратация, симптомами которой являются сухость слизистых оболочек, снижение тургора кожи, «западание» глазных яблок – при сильном обезвоживании, проявляющемся по причине увеличенных потерь жидкости с рвотными и каловыми массами, а также из-за нарушения всасывания воды. При хронической диарее также отмечается замедление роста у молодых животных, потеря массы тела, ухудшение качества шерсти (сухость и ломкость волос), что вызвано недостаточным поступлением питательных веществ из кишечника. При остром заболевании отмечается вялость и угнетение, снижение двигательной активности, ухудшение аппетита и другие симптомы.