Основным симптомом саркоспоридиоза является диарея, кал иногда с примесью слизи и крови. Причиной ее является размножение простейших в эпителиальных клетках кишечника с последующим их разрушением. При остром заболевании проявляются симптомы интоксикации организма, вызванные как гнилостным распадом тканей кишечника, так и выделением токсических продуктов обмена веществ саркоспоридиями. Нарушение всасывания через стенку кишечника жидкости и большие ее потери при диарее (а также рвоте, отмечающейся не так часто) ведут к дегидратации – обезвоживанию, особенно быстро развивающемуся у молодых животных с низкой массой тела.
Его симптомами являются снижение эластичности кожи, сухость слизистых оболочек и др. Сниженное поступление питательных веществ в организм животного, также обусловленное нарушением процессов всасывания, определяет замедление роста щенков и котят, ухудшение кондиции у взрослых животных. Также при хронической диарее отмечается ломкость волос и неухоженность шерстного покрова. Общее состояние животных зависит от степени дегидратации и интоксикации организма. У молодых животных часто отмечается угнетение, слабость, снижение двигательной активности и другие неспецифические признаки.