Основным и наиболее часто встречающимся симптомом является периодическая хромота, сопровождающаяся гипертермией – повышением температуры тела. Периоды между приступами хромоты могут быть длительными – до нескольких месяцев и лет. В том случае, если не проводится лечение или же оно начато не на раннем этапе заболевания, как правило, развиваются тяжелые артропатии – дегенеративные изменения суставов (в том числе и суставных поверхностей). Помимо сильной болезненности суставов (как правило, поражаются один или два сустава, ближайшие к месту укуса клеща, но возможен и полиартрит), может присутствовать и боль в мышцах и вдоль позвоночника.
У кошек симптомы болезни Лайма ограничиваются, в основном, перемежающейся хромотой, в то время как у собак нередко развивается гломерулопатия – повреждение почечных клубочков, по причине которого через почки в мочу фильтруется большое количество белка, вызывая снижение его уровня в крови (гипоальбуминемию), вследствие чего развиваются отеки (происходит выпот жидкой части крови из сосудистого русла в ткани). Отеки, в основном, наблюдаются в области конечностей, вентральной поверхности живота, морды. При дальнейшем прогрессировании нарушения почечной функции развиваются симптомы, характерные для хронической почечной недостаточности – периодическая рвота, угнетение, бледность слизистых оболочек вследствие анемии, в терминальной стадии возможно развитие уремических судорог и комы, заканчивающихся летальным исходом.